Grupa systematyków specjalizujących się w dziedzinie roślin kwiatowych, tzw. the Angiosperm Phylogeny Group (APG) wprowadziła w 1998 r., w swojej systematyce, nazywanej w skrócie APG, bardzo szczegółowy podział Asparagales na 29 rodzin, często 1- do 5- rodzajowych. W roku 2003 uczeni ci opracowali nową wersję systematyki roślin, tzw. APG II (Botanical Journal of the Linnean Society, Volume 141, Issue 4, Page 399 - April 2003, patrz: http://www.blackwell-synergy.com/links/doi/10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x/full/ ). Proponują szersze rozumienie rodziny botanicznej i w rzędzie Asparagales wyróżniają tylko 14 rodzin, wśród nich dwie, Alliaceae i Asparagaceae, jako tzw. "wyższe Asparagales", przy czym Amaryllidaceae włączają do Alliaceae.
P. F. Stevens - członek grupy APG - na stronie www.mobot.org/MOBOT/Research/APweb/orders/asparagalesweb.htm zaliczał zatem, zgodnie z systemem APG II, amarylkowate, obok czosnkowatych i agapantowatych do rzędu szparagowców, zaznaczając, że najnowsze systemy łączą te rodziny - opcjonalnie - w jedną - czosnkowate sensu lato:

Amarylkowate, początkowo jako "rząd" Amaryllidae, wydzielił Linneusz^* w Species Plantarum (1753). Adanson (1763) kilkanaście gatunków amarylkowatych opisał jako podrodzinę Narcissoideae w rodzinie Liliaceae. Wreszcie, w 1805, Juame Saint-Hilaire wprowadził nazwę Amaryllidaceae, w oparciu o rodzaj Amaryllis. Za klasyczną monografię rodziny uważa się Amaryllidaceae Williama Herberta (1837). Rząd Amaryllidales wprowadził Bromhead w 1840. (patrz: http://www.amaryllis-plus.com/GriffiniaLink/amaryllidaceae.htm)
Współczesną systematykę amarylkowatych, w oparciu o badania genetyczne, opracował Alan W. Meerow ze współpracownikami (American Journal of Botany 86(9): 1325-1345. 1999: Systematics of Amaryllidaceae based on cladistic analysis of plastid rbcL and trnL-F) (patrz: http://www.bulbsociety.org/meerow/Amaryllidaceae-plastid.pdf oraz www.bulbsociety.org/meerow/IBS_new_phylogeny.htm)

Pozycję systematyczną amarylkowatych w rzędzie Asparagales (wg M.W. Chase'a, zmieniona) przedstawia również James E. Shields na stronie http://www.shieldsgardens.com/amaryllids/tree.html , natomiast na stronie http://www.shieldsgardens.com/amaryllids/amaryllidaceae.html przedstawiony jest uproszczony kladogram amarylkowatych wg Meerowa. Inną wersję tego kladogramu przedstawia P. Vigneron: http://www.amaryllidaceae.org/syst/arbre.htm (patrz też: polskojęzyczna wersja tego diagramu).
Poza danymi genetycznymi, w systematyce amarylkowatych uwzględnia się cechy morfologiczne, np. występowanie lub brak cebul, budowę liści, kwiatów (obecność lub nie przykoronka, jego pochodzenie, symetria kwiatu), nasion (mięsiste, wodniste, cebulopodobne, suche, zawierające lub nie tzw. fitomelan), budowę podsadek (liście otaczające podstawę szypułek kwiatowych w kwiatostanach) itd. (patrz: cytowana praca A. W. Meerowa - Systematics of Amaryllidaceae... , rys. 7 i opis "stanu cech" zaznaczonych na rysunku).

Amarylkowate posiadają z reguły liczbę chromosomów 2n = 22, z wyjątkiem, przede wszystkim, tzw. tetraploidalnego kladu andyjskiego, dla kórego 2n = 46 (diploid, u którego przodka nastąpiła fragmentacja lub podwojenie jednego z chromosomów).

Do amarylkowatych zaliczanych jest obecnie 60 rodzajów botanicznych, z których jeden jest uznany za wymarły (Mathieua). Są one grupowane w tzw. plemiona, zależnie od miejsca występowania i zależności filogenetycznych ustalonych na podstawie danych genetycznych (sekwencji zasad nukleinowych w DNA, zwykle plastydowym). Najnowsze prace z tego zakresu są dostępne na stronie International Bulb Society, zakładka "DNA Analysis". Liczba gatunków w rodzinie jest szacowana na ok. 850 (z podsumowania podanej niżej tabeli - od ok. 330 do ponad 910).

Ze względu na rozmieszczenie geograficzne, wyróżnia się następujące gałęzie ewolucyjne (klady) i odpowiadające im plemiona (opracowanie własne, na podstawie cytowanych źródeł):

Gałąź afrykańska I (Afryka subsaharyjska, zwłaszcza południowa, z wyjątkiem Crinum, występującego w rejonach zwrotnikowych różnych kontynentów)
            1. Amaryllideae J. Saint-Hilaire (1805)
Gałąź Cyrtantheae (Afryka, zwłaszcza południowa)
            2. Cyrtantheae Salisbury (1866)
Gałąź afrykańska II (Afryka zwrotnikowa, zwłaszcza częźć południowa)
            3. Haemantheae (Pax) Hutchinson (1934)
Gałąź malezyjsko-australijska (Australia, Malezja)
            4. Calostemmateae D. & U. Müller-Doblies (1996)
Gałąź euroazjatycka (Eurazja i rejon ródziemnomorski, z północną Afryką)
            5. Lycoridae Traub (1963)
            6. Galantheae Salisbury (1866)
            7. Pancratieae Salisbury (1866)
            8. Narcisseae Endlicher (1836)
Gałąź amerykańska (Ameryka, głównie Południowa i Centralna)
      - tzw. klad Hippeastroid
            9. Hippeastreae (Pax & Hoffmann) Huchinson (1931)
            10. Griffineae Ravenna (1974)
      - tzw. tetraploidalny klad andyjski
            11. Eustephieae (Pax) Hutchinson (1934)
            12. Clinantheae Meerow (2000)
            13. Hymenocallideae (D. & U. Müller-Doblies) Meerow (1998)
            14. Stenomesseae Traub (1963)
            15. Eucharidae (Pax) Hutchinson (1934)

Schematyczne rozmieszczenie plemion amarylkowatych wg P. Vignerona przedstawia poniższa mapka:

Próby wyjaśnienia dzisiejszego geograficznego rozprzestrzenienia amarylkowatych i jego powiązania z filogenetycznym pokrewieństwem plemion i rodzajów opisuje A. Meerow w cytowanych pracach.

Liczba gatunków poszczególnych rodzajów amarylkowatych - zestawienie własne, na podstawie podanych źródeł